El turismo sustentable busca minimizar los impactos sobre los ecosistemas, y al mismo tiempo, procura la conservación de la cultura y tradiciones de las diferentes regiones en las que opera el CBMM. Con esta orientación, se apoyan proyectos turísticos 
que demuestren ser una actividad ambiental y socialmente responsable, basada en el respeto a la naturaleza. El sureste mexicano tiene un amplio potencial para el desarrollo del turismo de naturaleza
Los principios y orientaciones del turismo sustentable juegan hoy un papel importante en las estrategias de la industria turística mundial debido a la alta demanda y a la necesidad ineludible de conservar y proteger los recursos naturales del planeta. La integración de la sustentabilidad al desarrollo turístico se ha convertido en uno de los ejes que han permitido transformar en algunos sitios nuestra relación con el medio ambiente, generar conciencia ecológica y promover las economías locales con énfasis en la protección y conservación de los recursos naturales.
Acorde al objetivo del Gobierno Federal de dar un gran impulso al turismo naturaleza en todo el país, el CBMM ha estado apoyando una serie de proyectos con este perfil. Estos esfuerzos han buscado proporcionar a las unidades de negocios comunitarios en turismo algunas propuestas y recomendaciones técnicas para orientar o apoyar sus iniciativas. Se han analizado los servicios generales y turísticos del área, detectado las debilidades y oportunidades y se ha sistematizado y actualizado la información generada.
De este modo se ha brindado capacitación y asesoría técnica e incluso se ha apoyado financieramente para el equipamiento y mejoramiento de infraestructura de algunos proyectos comunitarios. De manera paralela el trabajo se ha orientado al diseño de un sistema de comercialización directa de la oferta de servicios en toda el área que cubre el Corredor, ante la escasa vinculación entre la creciente demanda de estos servicios, sobre todo en el ámbito internacional, y la oferta existente.
Se han elaborado planes de desarrollo ecoturístico alternativo en la ruta Sierra–Soconusco; el plan de desarrollo ecoturístico alternativo de la ruta Palenque-Lagos de Montebello en Chiapas; la propuesta regional de turismo de bajo impacto ambiental para el área focal de Felipe Carrillo Puerto en Quintana Roo y sus áreas de influencia. Así mismo se realizó el Estudio de factibilidad de acciones ecoturísticas comunitarias en la Ruta Zoque, en Chiapas y el diagnóstico La costa de Yucatán en la perspectiva del desarrollo turístico .
Actualmente se realizan y promueven talleres para grupos con nivel de organización limitada en centros ecoturísticos de los corredores de Chiapas y otras actividades que fortalecen las capacidades organizativas y la elaboración de proyectos en las comunidades del Corredor Norte en Yucatán.
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